Os navios atracam diariamente nos portos brasileiros para o desembarque ou o embarque de cargas ou passageiros. Dependendo da operação, a embarcação muda, se diferenciando no tamanho, na estrutura e na utilização. 

No Porto de Santos, o navio mais comum é o cargueiro, que transporta diversos tipos de mercadorias (podendo ser chamado de navio de carga). Suas características mudam conforme o produto transportado. 

Há o graneleiro, que leva cargas a granel sólidas, como grãos, farelo de soja, milho, fertilizantes e sal. Tradicionalmente, é uma embarcação com porões sem divisões em deques. 

Os que transportam granéis líquidos, como suco, petróleo, etanol, gasolina e óleos vegetais, são denominados navios-tanque – a carga vai em megatanques instalados no interior das embarcações. Especificamente os que levam petróleo são chamados de petroleiros.

Para movimentar contêineres, há os porta-contêineres. Em sua maioria, contam com estruturas de fixação para as caixas metálicas.

Além dos navios de carga, atracam no Porto de Santos embarcações específicas para passageiros em viagens turísticas. São os navios de cruzeiro, verdadeiros hotéis flutuantes.

O cais santista ainda recebe navios militares (preparados para o combate) e os de pesquisa, como os oceanográficos, além de barcaças (para os serviços de abastecimento de combustível e água). 

No canal do Porto, também trafegam embarcações para o transporte de passageiros entre as cidades da região, como balsas, barcas e catraias.